市應急管理局設下列內設機構：
  （一）辦公室（人事教育科）。負責機關日常運轉工作，承擔收發文、部門預決算、財務、資產管理、內部審計、干部人事、機構編制、勞動工資、檔案、信息、安全、保密、信訪、政務公開、退休干部管理、后勤管理、重要文稿起草等工作；開展應急管理和安全生產方面的對外交流與合作；協調開展對臺企業服務工作；負責全市應急管理系統干部教育培訓工作。
  （二）應急指揮科（救援協調與預案管理科、救災與物資保障科）。承擔應急值守、信息匯總、綜合協調等工作；擬訂事故災難和自然災害分級應對制度，發布預警和災情信息；提請、銜接解放軍和武警部隊參與應急救援工作；統籌應急預案體系建設，組織編制全市總體應急預案和安全生產類、自然災害類相關專項預案并負責各類應急預案銜接協調，承擔預案演練的組織實施和指導監督工作；統籌各類專業應急救援力量建設，指導全市各級各部門和社會應急救援力量建設，組織指導應急管理社會動員工作；組織參與安全生產類、自然災害類等相關突發事件的跨區域救援工作；建立災情報告制度，承擔災情核查、損失評估和救災捐贈等災害救助工作；擬訂應急物資儲備規劃和需求計劃，組織建立應急物資共用共享和協調機制，組織協調重要應急物資的儲備、調撥和緊急配送；承擔中央、省級和蘇州下撥以及市本級救災款物的管理、分配和監督使用工作；會同有關方面組織協調緊急轉移安置受災群眾、因災毀損房屋恢復重建補助和受災群眾生活救助。
  （三）調查評估與統計科。建立重大安全生產風險監測預警和評估論證機制；依法承擔生產安全事故調查處理工作，監督事故查處和責任追究落實情況；負責應急管理和安全生產統計分析工作。
  （四）消防協調科。組織擬訂消防工作規章制度和技術標準并監督實施；指導城鎮、農村、森林消防工作規劃編制并推進落實；指導消防監督、火災預防、火災撲救工作；協調市級消防救援隊伍開展火災救援技術支撐等有關工作。
  （五）防汛防旱科（地震與地質災害救援科、風險監測與綜合減災科）。組織協調水旱災害應急救援工作，協調指導重要江河湖泊、重要水工程實施防御洪水抗御旱災調度和應急水量調度工作；組織協調臺風防御工作；指導協調水旱災害防治工作。指導協調地震和地質災害防治相關工作；組織協調地震和地質災害應急救援工作。承擔自然災害綜合監測預警工作；組織開展自然災害綜合風險與減災能力調查評估；組織開展自然災害類突發事件的調查評估工作；負責防災減災救災統計分析工作。 
  （六）危險化學品安全監督管理科（行政服務科）。負責化工（含石油化工）、醫藥、危險化學品和煙花爆竹行業安全生產監督管理工作，依法監督檢查相關行業生產經營單位貫徹落實安全生產法律法規和標準情況；承擔危險化學品安全監督管理綜合工作，指導危險化學品登記工作，指導非藥品類易制毒化學品生產經營監督管理工作；根據法律法規、國家和省有關文件以及江蘇省、蘇州市、昆山市部門行政權力清單，負責本部門行政審批事項的有關工作，并限時辦結；協同開展全市危化品和煙花爆竹相關單位安全生產培訓工作；配合開展生產安全事故調查。
  （七）安全生產基礎科。負責非煤礦山（含地質勘探）、石油（煉化、成品油管道除外）、冶金、有色、建材、機械、輕工、紡織、煙草、商貿等工礦商貿行業安全生產監督管理工作，依法監督檢查相關行業生產經營單位貫徹落實安全生產法律法規和標準情況；指導監督相關行業企業安全生產標準化、安全預防控制體系建設等工作；協同開展全市工礦商貿行業安全生產培訓工作；配合開展生產安全事故調查。
  （八）安全生產綜合協調科。依法依規指導協調和監督有專門安全生產主管部門的行業和領域安全生產監督管理工作；組織協調全市性安全生產檢查以及專項督查、專項整治等工作，組織實施安全生產巡查、考核工作；組織、指導、開展“安全生產月”工作，指導開展企業安全文化、安全社區創建等工作；指導全市基層基礎能力建設和安全生產網格化工作。承擔市安全生產委員會辦公室日常工作。
  （九）規劃與科技信息科。組織編制全市應急體系建設、安全生產和綜合防災減災規劃并組織實施，制定應急救援裝備規劃并組織實施，研究提出相關經濟政策建議，推動應急重點工程和避難設施建設；承擔應急管理、安全生產的科技和信息化建設工作；擬訂有關科技規劃、計劃并組織實施；組織建立全市統一的應急管理信息系統，規劃信息傳輸渠道，健全安全生產、自然災害信息資源獲取和共享機制；負責安全生產評價、評估、咨詢、學會、協會等機構監督管理工作；牽頭負責專家庫工作。
  （十）政策法規科（新聞宣傳科）。組織起草相關地方性規章制度草案；承擔重要政策研究工作；承擔規范性文件的合法性審查和行政復議、行政應訴等工作；負責全市安全生產執法綜合性工作，組織指導執法計劃編制、執法隊伍建設和執法規范化建設工作；承擔應急管理和安全生產、防災減災方面的新聞發布、輿情應對、文化建設等工作；開展相關公眾知識普及工作。