市水務局設下列內設機構：

（一）黨政辦公室（組織人事科、財務科）。負責機關日常運轉工作，承擔信息、保密、信訪、政務公開、對外宣傳、績效管理、檔案管理和水文化建設等工作。負責機關內部規章制度建設。負責督促檢查水務重大政策、決策部署和重要工作的貫徹落實情況。組織全市水務科技和水務信息化工作。

負責機關并指導下屬事業單位的干部人事、勞動工資、教育培訓、機構編制、隊伍建設等工作。負責機關離退休干部的管理服務工作，指導下屬單位的離退休干部工作。

負責水務行業財政資金的預算、使用、財務管理、監督和行政事業性收費的資金管理工作。負責局屬固定資產的監督管理。提出有關水務價格、收費、基金、信貸的建議。負責局機關財務管理和會計核算工作。指導水務行業財務管理和會計核算工作。

負責機關及所屬單位內部審計和內管干部經濟責任審計工作。

負責機關和所屬單位黨建工作，指導系統黨建、精神文明和作風建設工作。

（二）規劃計劃科（基本建設科）。擬訂全市水務發展規劃及年度計劃并組織實施。組織編制全市水務綜合規劃、專業規劃、專項規劃并監督實施。編制昆臺水務合作規劃。承擔重大水務項目的統籌協調和推進等工作。對有關國民經濟和社會發展規劃、城鄉總體規劃、國土空間規劃等相關涉水規劃中的內容提出意見建議。按規定組織編制、審核項目建議書、可行性研究報告、初步設計報告文件等。

指導全市水務建設管理工作；組織實施水務工程質量和安全監督，按規定組織或監督水務工程建設的驗收；負責水務建設市場的監督管理和水務建設市場信用體系建設；負責水務建設統計工作。指導全市圩區建設、節水灌溉、農村河道疏浚和生態河道等工程建設與管理工作。

負責水務工程招投標活動的監督管理工作。負責水務工程建設項目招標投標活動的監督管理工作。貫徹執行國家、省、市有關水務工程建設項目招標投標的法律法規和方針政策。擬訂本市水務工程建設項目招投標的實施辦法和細則，并監督實施。按相應的審批權限，接受招標人招標前提交備案的招標報告。監督招標文件審查、標底編制、開標、評標和定標等活動。受理管理權限范圍內的水務工程建設項目招標投標活動的投訴，調解和處理招標投標過程中發生的糾紛。依法查處和糾正違反招標投標法規的行為。接受招標人提交的招標投標情況書面總結報告等備案材料。負責招投標項目的檔案資料管理。

（三）水資源與生態河湖科（河湖長制管理科）。指導全市水域及其岸線的管理和保護，指導骨干河道、湖泊的開發、治理和保護。指導河湖水生態保護與修復以及河湖水系連通工作，指導退圩還湖工作；會同相關部門指導全市河湖保護規劃編制工作。負責全市水土保持工作。負責全市建設項目水土保持方案的監督實施及水土保持設施的驗收工作。負責全市河湖采砂（取土）的統一管理和監督檢查。

協助編制水資源保護和節約用水規劃并監督實施；承擔實施最嚴格水資源管理制度相關工作，指導開展水資源有償使用工作；依法收取水資源費、水利工程水費等規費；組織水資源承載能力監測預警工作；指導水量分配工作并監督實施；協調河湖生態流量水量管理；負責飲用水水源保護有關工作；負責水源地日常監測；指導全市藍藻打撈工作；負責地下水開發利用和地下水資源管理和保護，組織指導地下水超采區綜合治理；參與編制水功能區劃和指導入河排污口設置管理工作。指導全市節約用水工作，擬訂全市節約用水政策，編制并協調實施節約用水計劃，監督實施行業用水標準、用水總量、用水效率控制和定額管理制度；指導和推動全市節水型城市、節水型社會建設工作；會同有關部門指導農業節水工作；指導城市污水處理回用等非常規水源開發利用工作。

承擔市全面深化河長制改革工作辦公室的日常工作。負責河湖長制工作的組織實施，研究制定相關管理規定，安排年度工作任務；向市級河湖長提出工作建議，落實市級河湖長確定的事項，對河湖長制工作情況進行檢查、評價、考核，協調督導河湖長制工作重點事項和問題，協調跨行政區域河道相關河湖長制工作；承擔河湖長制培訓、宣傳、信息工作，建立河湖長制管理信息化系統。指導全市水環境治理和黑臭水體整治。

（四）水業管理科。負責全市供排水行業監管，協助編制供排水規劃。開展全市供水水質監督管理工作；參與供水水價規劃和水價調整工作；參與制定供排水工程計劃；協助督查市級供排水設施建設；承擔供排水調度及監督實施工作；指導全市供排水特許經營工作；負責市級供排水綜合協調工作；指導供排水突發公共事件的應急管理工作。指導雨洪資源利用的工程建設與管理。參與污水處理費規劃和價格調整工作；依法收取污水處理費等規費；負責全市排水工程及生活污水處理設施運行的監管；負責全市城鄉生活污水治理的管理工作；指導全市控源截污、雨污分流工作；負責城市排水防澇和初期雨水管理。指導建立昆臺水務合作平臺。推進昆臺水務產業深度對接和民間合作交流，協助臺資（臺灣）企業、人才參與昆山水環境治理研究及水務基礎設施建設。

根據法律法規、國家和省有關文件以及江蘇省、蘇州市部門行政權力清單，負責本部門行政審批事項的有關工作，并限時辦結；指導全市水務行業政風行風和便民服務工作。對審批權限下放的區鎮進行相關業務指導。組織指導有關防洪、水土保持、水資源論證評價工作。

（五）工程運行管理科（安全與法規科）。指導全市水利設施的管理、保護和綜合利用；擬訂全市重點防汛、歲修、急辦工程計劃并組織實施。指導水旱災害防御和水量調度工作；指導監督調水工程的調度管理等工作；組織編制水利工程運行調度規程，指導泵站、堤防、水閘等水利工程的運行管理與確權劃界。指導、協調、檢查、督促全市河道長效管理工作。負責市屬水利工程的運行管理。

組織開展有關水務改革與發展的政策研究；負責規范性文件的合法性審查、備案并監督實施；擬訂昆臺水務合作的相關政策；指導法治水務建設和依法行政工作；指導行政執法工作；承辦局行政復議、行政訴訟和行政賠償工作；指導水務系統法治宣傳教育和普法宣傳工作。貫徹執行水務行業有關安全生產的政策、法規；負責水務系統安全生產管理工作；組織制定水務行業安全生產性文件。督促系統各單位嚴格履行安全監管職責、落實安全生產責任制，監督檢查全系統安全生產工作；指導協調各類應急事件的處置工作。負責水務系統安全生產教育及宣傳工作。